Le Coronavirus SARS-CoV-2 vient de muter
Ce que l’on craignait est arrivé. On vient de découvrir une souche mutante de SARS-CoV-2 en Grande Bretagne et cette souche mutante est déjà présente en Hollande au Danemark et en Australie. Les autorités sanitaires des pays infectés n’ont pas encore de données épidémiologiques pouvant indiquer la léthalité de cette nouvelle souche virale ni sa contagiosité mais on sait déjà qu’elle se propage à une vitesse nettement supérieure au virus épidémique. Ce que l’on ignore également c’est si l’immunité conférée par les vaccins actuellement utilisés couvre également l’infection par cette souche virale mutante.
Le monde entier avait poussé un soupir de soulagement lorsque les laboratoires pharmaceutiques ont annoncé que le vaccin était prêt et une campagne de vaccination avait démarré en Grande Bretagne et aux USA. Les autres pays n’attendent que de disposer de quantités suffisantes de vaccin pour commencer à vacciner leur population. La nouvelle de cette mutation, en cette période de l’année, ajoutée à la progression exponentielle des nouveaux cas de covid-19, vient injecter aux populations du globe, une dose de pessimisme et d’angoisse pour l’avenir alors que le Dr Pedro Beltrao, de l’Institut européen de bio-informatique disait. « Après plus d’un siècle de coronavirus relativement inoffensifs, nous avons connu, ces 20 dernières années, trois coronavirus mortels. L’observation des espèces nous permet de prédire les thérapies pan-coronavirales susceptibles d’être efficaces contre la pandémie actuelle voire également prometteuses contre un futur coronavirus. »
Une note d’optimisme toutefois : des chercheurs de l’Institut Pasteur et du CNRS - en prenant pour modèle l’épidémie de Chikungunya de 2005-2006, - sont parvenus à mettre au point une méthode capable de prédire les mutations virales les plus susceptibles d’émerger à court terme, et qui présentent un fort potentiel épidémique. Les résultats de ces travaux, publiés dans la revue « Cell Host & Microbe » ouvrent des perspectives nouvelles, pour la surveillance des épidémies et pour les recherches vaccinales menées sur de nombreux virus.
Les mécanismes moléculaires de réplication et de multiplication des virus à ARN sont parfois à l’origine de mutations dans leur code génétique, donnant naissance à des virus légèrement différents. Ces mutations sont fréquentes et variées, dans la population virale d’une même espèce. Certaines de ces mutations favorisent la multiplication du virus qui les porte et le rendent donc plus apte à se répandre. La souche virale ainsi créée possède alors le potentiel pour déclencher une épidémie importante ou de booster une épidémie préexistante. Les chercheurs ont étudié de manière approfondie les coronavirus SARS-CoV-2, SARS-CoV-1 et MERS-CoV en adoptant des approches leur permettant d’identifier les processus cellulaires et les protéines cibles qu’ils conservaient.
Les chercheurs de l’Institut Pasteur et du CNRS, sont parvenus pour la première fois à développer une méthode capable de prédire, dans une population d’arbovirus, les mutations à fort potentiel épidémique les plus susceptibles d’émerger. Cette méthode repose sur l’observation des événements mutationnels chez le virus, au cours de son cycle chez le moustique vecteur et l’hôte mammifère. Ils ont laissé la souche mutante du virus se développer pendant deux semaines - ce qui correspondant à plusieurs cycles de réplication - puis ont procédé à un séquençage à haut débit du génome des virus prélevés dans différents sites dont la salive de chaque insecte infecté. Les résultats ont alors montré l’apparition, - de manière majoritaire dans la salive - de la même mutation dans la protéine d’enveloppe qui en 2005 a été à l’origine de la souche épidémique. Mais après le passage chez l’hôte mammifère et les moustiques, les souches virales qui en étaient porteuses ont supplanté toutes les autres, y compris la souche épidémique, révélant ainsi, après seulement un cycle de transmission, le fort potentiel émergent de ces nouvelles souches mutées.
Il s’agit là d’une méthode permettant d’identifier plus en amont les mutations au potentiel épidémique important, pour les arbovirus comme pour d’autres virus, et notamment les virus à transmission vectorielle. Cette découverte offre donc désormais la possibilité de cibler et d’améliorer la surveillance de ces populations virales. En outre, en permettant d’inclure dans les compositions vaccinales les souches virales potentielles identifiées, elle constitue également un atout précieux pour la mise au point de vaccins et la lutte contre ces virus.
Rappelons qu’en 2003, grâce à une mobilisation internationale sans précédent, motivée par l’alerte mondiale déclenchée par l’OMS, l’agent causal du Sras, un coronavirus inconnu jusqu’alors, avait pu être rapidement identifié, et l’épidémie être endiguée par des mesures d’isolement et de quarantaine. L’épidémie actuelle de 2019 rappelle celle du Sras qui provoquait des pneumopathies plus sévères que ce que l’on voit aujourd’hui avec ce virus.
Nous sommes aujourd’hui à la croisée des chemins faut-il continuer à vacciner avec un vaccin qui ne protège peut-être pas contre la nouvelle souche de coronavirus, quitte à revacciner plus tard avec un vaccin bivalent, où attendre d’en savoir plus sur cette souche mutante et vacciner plus tard avec un vaccin bivalent.
En attendant quelles sont les dispositions de prophylaxie sanitaire qui vont être prises. Les mesures actuelles vont-elles être maintenues ? Va-t-on reconfiner de nouveau ?
De nombreux pays ont arrêté les vols vers ou venant de GB. Va-t-on en faire autant ?
Les pays vont-ils faire front commun contre cette nouvelle attaque ou agir en rang dispersé comme c’est actuellement le cas ?
Autant de question auxquelles il faudra trouver rapidement une réponse.
Dr. Khaled El Hicheri
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