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Covid : tests virologiques

 

Covid : tests virologiques

 

La circulation du coronavirus en Tunisie se poursuit à un niveau élevé. Un fort pourcentage des tests Covid-19 déjà réalisés, sont positifs, principalement chez les personnes présentant des symptômes de l'infection. Les laboratoires de biologie médicale agréés, réalisant les dépistages, sont saturés. De véritables embouteillage sont visibles devant et dans les laboratoires d’analyses médicales alors que le test ne doit être fait que si la personne à un doute sur sa contamination possible ou présente déjà les signes cliniques de la maladie. Afin de décongestionner les laboratoires et de réduire les délais de transmission des résultats, des tests virologiques devraient être disponibles en nombre suffisant dans les laboratoires agréés

Les tests virologiques ou tests PCR (Polymerase Chain Reaction = réaction en chaîne par polymérase), ont pour but de détecter la présence du virus au moment où ils sont réalisés, c’est-à-dire que les patients pourront savoir s’ils sont infectés, alors que les tests sérologiques nous indiquent si une personne a été infectée par le passé. Les deux types de tests sont complémentaires pour établir un diagnostic. Les tests virologiques recherchent directement la présence du virus SARS-CoV-2. En utilisant la technique RT-PCR, par la détection du matériel génétique du virus (son ARN). Ce sont les tests à pratiquer en premier pour établir le diagnostic ; ils permettent en effet de confirmer qu’une personne est infectée par le SARS-CoV-2.

Pour se faire dépister il faut s’adresser à un laboratoire agréé ; le coût du test est élevé (210 dinars).   Des rumeurs ont toutefois circulé sur la falsification des résultats des tests RT-PCR effectués dans des laboratoires privés, soulevant une autre polémique sur les prix exorbitants des tests RT-PCR largement plus élevés que le tarif fixé par l’Etat. Certains laboratoires d’analyses auraient facturé les tests à près de 400 dinars l’unité, soit près du double du prix règlementé (prix coûtant : 209 dinars pour les laboratoires privés et 210 dinars à l’Institut Pasteur de Tunis). Ces hausses abusives auraient été justifiées par l’introduction d’intermédiaires dans le circuit.

 

Tout citoyen tunisien ou résident peut se faire tester, même s'il n'a pas de symptômes, ni d'ordonnance. Un résultat PCR positif montrant la présence du virus implique en principe l’isolement du patient ; y compris dans le cas d’une charge virale très faible, donc probablement non contagieuse.

Le test RT-PCR est la méthode la plus connue et la plus utilisée depuis le début de la crise épidémique Covid-19, elle consiste à déceler le matériel génétique du virus dans des échantillons nasopharyngés. Le virus est infiniment petit sur l’échantillon prélevé sur le patient : une machine va opérer des cycles d’amplification jusqu’à le rendre perceptible – c’est un procédé très fin qui nécessite le savoir-faire des laboratoires, un matériel sophistiqué et entre quatre à six heures pour obtenir le résultat. Un résultat positif reflète la présence de matériel génétique du virus mais cela ne signifie pas forcément que ce virus est encore actif et contaminant ; le virus peut parfois persister dans l’organisme jusque 3 semaines ou plus mais la charge virale réduite suggère que la possibilité que le test soit positif est également réduite.  

La technique consiste à effectuer un prélèvement nasopharyngé par écouvillon (sorte de grand coton-tige) introduit dans une narine  jusqu’au fond du nez du patient jusqu’au pharynx, afin de prélever une certaine quantité du mucus où se localiserait le virus. Bien que désagréable, la technique n’est pas invasive. L’écouvillon doit être introduit profondément, au risque de ne pas récupérer de particules virales, se situant au fond de la gorge. Dans certains cas, le virus se trouve seulement dans les poumons où il est accessible par un lavage bronchiolo-alvéolaire, une technique relativement invasive réalisée en milieu hospitalier.

L’échantillon prélevé est envoyé pour analyse au laboratoire. Les résultats sont disponibles en quelques heures ; si le résultat est positif, il indique que le virus a été contracté dans les 8 jours précédents et qu’il reste positif pendant une dizaine de jours. C’est donc un signe de présence du virus et d’infection au moment présent et la personne testée doit alors faire l’objet d’un suivi médical. S’il est négatif, c’est soit vrai, soit qu’il est faussement négatif car le test aurait été mal fait ou que le protocole d’analyse n’est pas fiable.               

Il faut savoir que le test RT-PCR n’est pas totalement fiable : sa sensibilité est de 70 % environ. Cela signifie que sur 100 personnes testées positives, 70 seront réellement positifs et 30 seront  faussement négatif. Ceci dépend aussi de la période où le test RT-PCR est pratiqué. Il ne donne les meilleures réponses que lorsque le virus est présent, soit dans les 2 jours qui précèdent le début d’apparition des symptômes et dans la semaine qui suit leur apparition.  C’est pourquoi ce test n’est pas indiqué pour être utilisé de manière extensive, chez un grand nombre de personnes sans symptômes (pour un dépistage systématique) pour repérer le SARS-CoV-2, par exemple avant que ces personnes ne reprennent le travail, ou alors il faudrait faire passer le test très régulièrement car la période de présence du virus n’est pas longue et sa fréquence en population générale est faible. Il peut toutefois être utilisé à titre individuel, sur des personnes en contact avec des malades confirmés.

Au début de l’épidémie, il y avait une pénurie de tests PCR. Ils étaient notamment réservés aux personnes hospitalisées et au personnel soignants. Ils sont aujourd’hui disponibles et il est recommandé que toute personne présentant des symptômes évocateurs de covid-19 soit testée. Il arrive toutefois que ce test soit réalisé trop tard au cours de la maladie, qu’il ait donné un résultat faussement négatif ou que la personne n’ait pas vraiment eu de symptômes. Dans ces cas, Il est recommandé que soient testées, sur avis médical, les catégories de personnes présentant des symptômes évocateurs de Covid-19, les personnes ayant été en contact - avec un risque élevé de transmission - avec un cas confirmé de Covid-19 et certains groupes de personnes, dans le cadre de campagnes particulières de dépistage : personnes vulnérables ou structures d’hébergements collectifs, si un premier cas est confirmé au sein de la structure.

Néanmoins, après en avoir longtemps manqué, les capacités de tests ont beaucoup progressé, mais les pénuries de réactifs sont toujours aussi fréquentes et les difficultés d’approvisionnement en petit matériel et en consommables persistent. Se pose par ailleurs la question de savoir si le prix du test est remboursé par les organismes de sécurité sociale (CNAM, CNSS …)

Dr. Khaled El Hicheri

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